Som mellemnavn deler mandsnavnet Johannes etymologisk rod med fornavnet og udspringer af det hebraiske Yohanan (יוֹחָנָν), hvilket betyder "Gud har vist nåde". Navnet er båret med ind i det danske mellemnavnesystem som et direkte ønske om at videreføre en agnatisk eller kognatisk slægtstradition.
Placeringen af Johannes som mellemnavn vandt især udbredelse i det 19. århundrede, da det faste efternavnesystem blev cementeret. Det blev en udbredt skik i det danske borgerskab og blandt selvejerbønder at give sønner faderens eller morfaderens fornavn som et mellemnavn for at adskille sig fra de mange ensartede -sen-efternavne i sognene.
Johannes optræder i dag som et meget hyppigt mellemnavn (eller sekundært fornavn) i de danske kirkebøger og cpr-registre. Navnets popularitet som mellemnavn har fulgt fornavnets historiske kurve, hvilket betyder, at many unge drenge i dag på ny tildeles navnet efter deres oldefædre.
Vilhelm Johannes Steininger (1888–1955) var en fremtrædende dansk officer og generalmajor, der ydede en betydelig administrativ og militær indsats i den danske hær i midten af det 20. århundrede.
Carl Johannes Schou (1859–1934) var en anerkendt dansk civilingeniør og erhvervsmand, som prægede udviklingen af den tidlige danske industri og infrastruktur.
Navnet optræder hos 536 personer.