Mandsnavnet Johannes stammer fra det hebraiske navn Yohanan (יוֹחָנָן), som betyder "Gud har vist nåde" eller "Herren er nådig". Gennem den græske form Iōannēs (Ἰωάννης) og den latinske variant Johannes spredte navnet sig til hele den kristne verden og blev et af de mest fundamentale kristne navne i Europa.
Navnet kom til Danmark med kristendommens indførelse i vikingetiden og blev hurtigt ekstremt populært på grund af to centrale bibelske skikkelser: Johannes Døberen og evangelisten Johannes. Navnet dannede tidligt grundlag for en lang række danske særformer og kortformer som Jens, Johan, Jan og Jon, men den fulde latinske form bevarede sin høje status i gejstlige, lærde og borgerlige kredse.
Johannes har været et af de mest stabile og udbredte danske mandsnavne gennem mere end tusind år. Efter en mindre nedgang i midten af det 20. århundrede er navnet vendt stærkt tilbage i det 21. århundrede, hvor det regelmæssigt optræder på Danmarks Statistiks top-50 over nyfødte drenge, båret af tusindvis af danskere.
Johannes V. Jensen (1873–1950) var en af Danmarks mest betydningsfulde forfattere, som modtog Nobelprisen i litteratur i 1944 for sit monumentale værk "Kongens Fald".
Johannes Ewald (1743–1781) var en fremtrædende dansk digter og dramatiker i oplysningstiden, som blandt andet skrev teksten til den kongelige nationalsang "Kong Christian stod ved højen mast".
Johannes Fibiger (1867–1928) var en kendt dansk læge, professor og patolog, som modtog Nobelprisen i fysiologi eller medicin i 1926.
Navnet optræder hos 568 personer.