Som mellemnavn deler Johanne etymologi med det klassiske fornavn. Det stammer via græsk Iōannēs (Ἰωάννης) fra det hebraiske mandsnavn Yohanan (יוֹחָנָν), der betyder "Gud har vist nåde". Navnet er en feminin afledning, som i det danske navnesystem vandt indpas som mellemnavn i forbindelse med opkaldelsestraditioner, hvor slægtens navne skulle bevares.
Brug af Johanne som mellemnavn vandt især frem i 1800-tallet og det tidlige 1900-tallet. Traditionen opstod ofte for at ære en mormor, farmor eller mor, uden at navnet nødvendigvis blev barnets primære kaldenavn. Det ses hyppigt i kombinationer hos det rurale borgerskab og landbobefolkningen, hvor det fungerede som en fast historisk markør i slægtshistorien.
Placeringen af Johanne som mellemnavn toppede i slutningen af 1800-tallet. Efter en længere periode med dalende brug har det i de seneste årtier oplevet en renæssance i takt med, at de gamle slægtsnavne igen er kommet på mode hos yngre generationer. I dag registreres det hyppigt som sekundært fornavn eller mellemnavn i Danmarks Statistiks registre.
Nielsine Johanne Schousen (1847–1921) var en bemærkelsesværdig dansk kvinde fra Læsø, hvis omfattende personlige dagbøger og slægtsoptegnelser i dag udgør et vigtigt lokalhistorisk kildemateriale.
Marie Johanne Schandorff (1853–1941) var en markant dansk filantrop og stifter af sociale institutioner, der ydede en stor indsats for samfundets svageste i det tidlige 20. århundrede.
Navnet optræder hos 1.214 personer.