Efternavnet Henriksen er et klassisk nordisk patronymikon (et fadersnavn), der ordret betyder "søn af Henrik". Det tilgrundliggende mandsnavn Henrik stammer etymologisk fra det gamle højtyske navn Heimerich (senere Heinrich). Dette navn er sammensat af de to germanske ordled heim, som betyder "hjem" eller "hus", og rih (eller rik), som bærer betydningen "mægtig", "hersker" eller "fyrste". Den samlede oprindelige betydning af navnestammen tolkes således som "hjemmets hersker" eller "gårdens mægtige herre". Navnet spredte sig til Danmark i middelalderen via tysk sprogindflydelse og konsoliderede sig hurtigt som et af de mest populære kongelige og adelige fornavne herhjemme.
Navnets historie i de danske slægter afspejler udviklingen af den gamle nordiske patronymtradition, som i århundreder prægede hele det danske landbosamfund. Efter denne skik skiftede efternavnet ved hvert eneste generationsskifte, således at en søn af en fader ved navn Henrik automatisk fik efternavnet Henriksen, mens en datter blev indskrevet som Henriksdatter. Fornavnet Henrik var historisk set særdeles populært blandt både adelen og den brede landbefolkning på tværs af de danske øer og i Jylland. For at skabe administrative, skattetekniske og militære strukturer greb statsmagten ind med Navnelovene i 1800-tallet. Dette skete indledningsvist med forordningen af 1828 og endeligt med den skelsættende navnelov af 1856 (ofte omtalt som 1853-loven på grund af sit forarbejde). Loven fastfrøs de eksisterende patronymer permanent, hvilket betød, at den slægtleds-specifikke navngivning ophørte, og Henriksen stivnede som et fast, permanent arveligt slægtsnavn i de efterfølgende generationer.
I det moderne Danmark er Henriksen et yderst traditionelt og meget almindeligt efternavn. Ifølge officielle og opdaterede tal fra Danmarks Statistik bærer i alt 15.656 danskere efternavnet Henriksen. Det placerer Henriksen solidt i den øverste top som landets 28. mest almindelige efternavn i hele befolkningen. Selvom forekomsten af de traditionelle -sen-efternavne over de seneste årtier har vist en svagt faldende tendens – i takt med at nutidige familier søger mod mere unikke mellemnavne eller beskyttede slægtsnavne for at skabe en mere personlig identitet – bevarer Henriksen sin status som en markant og urokkelig søjle i det danske navnelandskab.
Kai Henriksen (1888–1940) var en fremtrædende dansk zoolog og entomolog (insektforsker), som ydede et væsentligt videnskabeligt og historisk bidrag til udforskningen af den danske insektfauna, og som i en længere årrække fungerede som inspektør ved Zoologisk Museum i København.
Viggo Henriksen (1873–1937) var en anerkendt dansk civilingeniør og fabrikant, der i begyndelsen af 1900-tallet opbyggede en af landets førende maskinfabrikker inden for tekstil- og farveindustrien, og som spillede en væsentlig rolle i den tidlige industrialisering af det københavnske erhvervsliv.
Aage Henriksen (1921–2011) var en prominent dansk litteraturforsker, dr.phil. og professor i nordisk litteratur ved Københavns Universitet, der betragtes som en af efterkrigstidens mest indflydelsesrige åndspersoner og kritikere i dansk kulturliv, og som var særligt kendt for sit nære, personlige venskab med forfatterinden Karen Blixen.
Navnet optræder hos 398 personer.